Aphelios bir nişancı (ADC) olduğu için birincil rün ağacı her zaman İsabet olmalıdır. Karşılaşmanın zorluğuna göre üç farklı ana rün tercih edilebilir:
En çok tercih edilen ve en güvenli ründür. Koridorda sürekli dürtüldüğün zorlu eşleşmelerde hayatta kalmanı sağlar. Hareket ederek ve saldırarak enerji biriktirirsin, tam yüke ulaştığında sonraki saldırın seni iyileştirir ve kısa süreliğine hareket hızı kazandırır.
Karşı takımda çok fazla tank ve yakın dövüşçü varsa tercih edilir. Severum (Tırpan Tabanca) ve Crescendum (Çakram) silahları ile saniyeler içinde tam yüke ulaşarak inanılmaz bir hasar ve can çalma potansiyeline erişmeni sağlar.
Koridorda erken aşamada baskı kurmak ve anlık hasar (burst) çıkarmak istiyorsan idealdir. Aynı şampiyona yapılan peş peşe 3 normal saldırı ekstra hasar verir ve rakibin savunmasını kırarak takım arkadaşlarının da o rakibe daha fazla vurmasını sağlar.
İsabet ağacının altında genellikle Pratik Zeka (mana yenilenmesi), Efsane: Kan (can çalma) ve Biç Devir (tanklara karşı ekstra hasar) tercih edilir. İkincil ağaç olarak ise Büyücülük seçilir. Mutlak Odak ve Yaklaşan Fırtına rünleri ile oyunun ileri safhalarında (late game) Aphelios'un hasarı durdurulamaz bir seviyeye ulaşır.